Uma olhada na formação de "embora"
Muita gente travam nessa hora. A resposta curta é que "embora" resulta de aglutinação, não de justaposição. A análise morfológica mostra que a palavra se formou pela fusão da preposição "em" com a forma do presente do subjuntivo do verbo "orar" ("ora" no sentido antigo de "rogar", "pedir"). Com o tempo, o sentido de "oração" foi se perdendo e ficou só o valor concessivo. Ou seja: "em" + "ora" = "embora". Um só vocábulo, elementos fundidos, sem hífen, sem espaço — aglutinação pura.
embora é justaposição ou aglutinação
Para chegar a essa resposta com segurança, o que eu faço na prática é dissecar o termo e verificar se os componentes se mantêm distintos ou se houve fusão fonética e morfológica. A regra geral que uso é simples: se você consegue separar os elementos mantendo os significados originais intactos, provavelmente é justaposição. Se os sons e as formas se mesclaram e um elemento perdeu identidade própria, é aglutinação. No caso específico de "embora", o "em" original já não funciona mais como preposição independente, e o "ora" que era verbo no subjuntivo também se esvaiu como forma reconocible no português contemporâneo. Isso é sinal claro de aglutinação. Outra coisa que ajuda é comparar com casos paralelos. "Porque" também é aglutinação: "por" + "que" fundidos. "Onde" vem de "em" + "de" + "lo", mais uma aglutinação. Já o "e" que liga orações Coordenativas — "falei e ele respondeu" — é só justaposição, dois termos colados sem fusão. A diferença é que nesse segundo exemplo cada palavra mantém sua função e forma intactas.
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Eu cheguei a ter um problema bem específico em revisão de texto técnico quando alguém perguntou se "embora" deveria levar hífen por ser composta. Fui consultar o novo acordo ortográfico, e ele não prevê hífen para conjunções concessivas formadas por aglutinação. A solução foi explicar que o hífen só entra em certos compostos com prefixos específicos ou com elementos de ligação — o que "embora" não é. Cortei três minutos de dúvida e segui em frente. O ponto que costuma passar despercebido: a linha entre aglutinação e junção ortográfica às vezes fica tênue na análise rápida. Não confunda aglutinação morfológica com simples colação de duas palavras que formam uma nova expressão. "Em volta" (duas palavras, locução prepositiva) não é a mesma coisa que "embora" (uma palavra, aglutinação). A mudança é ortográfica, morfológica e semântica ao mesmo tempo.
Se quiser aprofundar, a base etimológica está em obras como o Dicionário Etimológico da Língua Portuguesa, de Cunha e Cintra, ou o Novo Dicionário da Língua Portuguesa, de Houaiss. Mas para o uso corrente, saber que se trata de aglutinação já resolve a grande maioria das dúvidas. O resto é detalhes que só aparecem em provas mais específicas ou em revisões linguísticas rigorosas.